Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition - Diversité et Interactions au sein du Plancton Océanique
Article Dans Une Revue Scientific Data Année : 2017

Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition

Adriana A. Alberti (1) , Julie Poulain (1) , Stefan Engelen (2) , Karine Labadie (3) , Sarah Romac (4) , Isabel Ferrera (5) , Guillaume Albini (3) , Jean-Marc Aury (2) , Caroline Belser (2) , Alexis Bertrand (2) , Corinne Cruaud (3) , Corinne da Silva (2) , Carole Dossat (2) , Frédérick F. Gavory (2) , Shahinaz Gas (3) , Guy Guy , Maud Haquelle , E'Krame Jacoby (3) , Olivier Jaillon (3) , Arnaud Lemainque (6) , Eric Pelletier (3) , Gaëlle Samson (3) , Mark Wessner (2) , Pascal Bazire (7) , Odette Beluche (3) , Laurie Bertrand (8) , Marielle Besnard-Gonnet (7) , Isabelle Bordelais , Magali Boutard (3) , Maria Dubois , Corinne Dumont , Evelyne Ettedgui , Patricia Fernandez (9) , Espérance Garcia , Nathalie Aiach (10) , Thomas Guerin (3) , Chadia Hamon (3) , Élodie Brun , Sandrine Lebled (3) , Patricia Lenoble (11) , Claudine Louesse , Eric Mahieu (12) , Barbara Mairey (3) , Nathalie Martins (13) , Catherine Megret , Claire Milani (3) , Jacqueline Muanga , Céline Orvain (8) , Emilie Payen (14) , Peggy Perroud , Emmanuel Petit (15) , Dominique Robert (16) , Murielle Ronsin , Benoit Vacherie (3) , Silvia G. Acinas (5) , Marta Royo-Llonch , Francisco Cornejo-Castillo , Ramiro Logares (5) , Beatriz Fernández-Gómez , Chris Bowler (17) , Guy Cochrane (18) , Clara Amid (19) , Petra Ten Hoopen , Colomban de Vargas (4) , Nigel Grimsley (20) , Elodie Desgranges , Stefanie Kandels-Lewis (21) , Hiroyuki Ogata , Nicole Poulton (22) , Michael E. Sieracki (22) , Ramunas Stepanauskas , Matthew Sullivan (23) , Jennifer Brum (24) , Melissa Duhaime , Bonnie Poulos , Bonnie Hurwitz , Peer Bork (25) , Emmanuel Boss (26) , Michael Follows (27) , Gabriel Gorsky (28) , Pascal Hingamp (29) , Daniele Iudicone (30) , Lee Karp-Boss (31) , Eric Karsenti (21) , Fabrice Not (32) , Stéphane Pesant (33) , Jeroen Raes (34) , Christian Sardet (35) , Sabrina Speich (36) , Lars Stemmann (28) , Shinichi Sunagawa (25) , Patrick Wincker (1)
1 UMR 8030 - Génomique métabolique
2 LBGB - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
3 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
4 EPEP - Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
5 ICM - Institute of Marine Sciences / Institut de Ciències del Mar [Barcelona]
6 CNG - Centre National de Génotypage
7 LGBM - Laboratoire de Génomique et Biochimie du Métabolisme
8 JACOB - Institut de Biologie François JACOB
9 UPM - Universidad Politécnica de Madrid
10 SEG - Structure et évolution des génomes - UMR 8030
11 LABGeM - Analyse Bio-Informatique pour la Génomique et le Métabolisme
12 Actilia Multimedia
13 PHARMA-DEV - Pharmacochimie et Biologie pour le Développement
14 IG - Institut de Génomique d'Evry
15 BIOPI - Biologie des Plantes et Innovation - UR UPJV 3900
16 Grande Rue
17 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
18 EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute [Hinxton]
19 Informatics Department, Wellcome Trust Genome Campus
20 BIOM - Biologie intégrative des organismes marins
21 EMBL - European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg]
22 Bigelow Laboratory for Ocean Sciences
23 University of Arizona
24 EEB - Ecology and Evolutionary Biology [Tucson]
25 European Molecular Biology Laboratory
26 School of Marine Sciences
27 EAPS - Department of Earth, Atmospheric and Planetary Sciences [MIT, Cambridge]
28 LOV - Laboratoire d'océanographie de Villefranche
29 MIO - Institut méditerranéen d'océanologie
30 SZN - Stazione Zoologica Anton Dohrn
31 University of Maine
32 DIPO - Diversité et Interactions au sein du Plancton Océanique
33 MARUM - Center for Marine Environmental Sciences [Bremen]
34 Department of Bioscience Engineering
35 LBDV - Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche sur mer
36 LPO - Laboratoire de physique des océans
Adriana A. Alberti
Julie Poulain
Guy Guy
  • Fonction : Auteur
Maud Haquelle
  • Fonction : Auteur
Eric Pelletier
Laurie Bertrand
Isabelle Bordelais
  • Fonction : Auteur
Maria Dubois
  • Fonction : Auteur
Corinne Dumont
  • Fonction : Auteur
Evelyne Ettedgui
  • Fonction : Auteur
Espérance Garcia
  • Fonction : Auteur
Élodie Brun
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1377901
Claudine Louesse
  • Fonction : Auteur
Eric Mahieu
  • Fonction : Auteur
Catherine Megret
  • Fonction : Auteur
Jacqueline Muanga
  • Fonction : Auteur
Peggy Perroud
  • Fonction : Auteur
Dominique Robert
  • Fonction : Auteur
Murielle Ronsin
  • Fonction : Auteur
Marta Royo-Llonch
  • Fonction : Auteur
Francisco Cornejo-Castillo
  • Fonction : Auteur
Beatriz Fernández-Gómez
  • Fonction : Auteur
Chris Bowler
Petra Ten Hoopen
  • Fonction : Auteur
Elodie Desgranges
  • Fonction : Auteur
Hiroyuki Ogata
Ramunas Stepanauskas
  • Fonction : Auteur
Matthew Sullivan
Melissa Duhaime
  • Fonction : Auteur
Bonnie Poulos
  • Fonction : Auteur
Bonnie Hurwitz
  • Fonction : Auteur
Emmanuel Boss
Pascal Hingamp
Daniele Iudicone
Lee Karp-Boss
Lars Stemmann
Patrick Wincker

Résumé

A unique collection of oceanic samples was gathered by the Tara Oceans expeditions (2009–2013), targeting plankton organisms ranging from viruses to metazoans, and providing rich environmental context measurements. Thanks to recent advances in the field of genomics, extensive sequencing has been performed for a deep genomic analysis of this huge collection of samples. A strategy based on different approaches, such as metabarcoding, metagenomics, single-cell genomics and metatranscriptomics, has been chosen for analysis of size-fractionated plankton communities. Here, we provide detailed procedures applied for genomic data generation, from nucleic acids extraction to sequence production, and we describe registries of genomics datasets available at the European Nucleotide Archive (ENA, www.ebi.ac.uk/ena). The association of these metadata to the experimental procedures applied for their generation will help the scientific community to access these data and facilitate their analysis. This paper complements other efforts to provide a full description of experiments and open science resources generated from the Tara Oceans project, further extending their value for the study of the world’s planktonic ecosystems.
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Citer

Adriana A. Alberti, Julie Poulain, Stefan Engelen, Karine Labadie, Sarah Romac, et al.. Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition. Scientific Data , 2017, 4, ⟨10.1038/sdata.2017.93⟩. ⟨hal-01771844⟩
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